Lorsqu’une entreprise tient une comptabilité informatisée et qu’elle fait l’objet d’une vérification, elle doit remettre à l’administration fiscale une copie des fichiers des écritures comptables (FEC), sous forme dématérialisée, dès le début des opérations de contrôle. Le plus souvent, la réalisation de ce contrôle fiscal nécessite la mise en œuvre de traitements informatiques. L’entreprise doit alors choisir que ces traitements soient effectués :
- soit par le vérificateur sur le matériel de l’entreprise ;
- soit par l’entreprise elle-même sur son propre matériel ;
- soit par le vérificateur, hors des locaux de l’entreprise, au moyen de copies fournies par l’entreprise sur support informatique.

Afin que l’entreprise puisse faire son choix entre ces 3 options, le vérificateur doit lui adresser un courrier décrivant la nature des investigations qu’il souhaite réaliser. Un courrier qui doit contenir des informations suffisamment précises pour que ce choix s’opère en toute connaissance de cause. À ce titre, le Conseil d’État vient de préciser que le vérificateur doit indiquer les données sur lesquelles il entend faire porter ses recherches et l’objet de ses investigations. En revanche, selon les juges, la description technique des travaux informatiques à réaliser pour la mise en œuvre des investigations doit être communiquée à l’entreprise seulement si cette dernière décide de réaliser elle-même les traitements. La fourniture de cette description technique n’est donc pas systématique.

Illustration : dans une affaire récente, une pharmacie, exploitée sous forme de Selas, avait fait l’objet d’une vérification de comptabilité informatisée. Dans ce cadre, elle avait reçu un courrier du vérificateur indiquant qu’il souhaitait réaliser des traitements informatiques portant sur « le montant des ventes et des règlements, les taux de TVA appliqués aux articles vendus, les flux matières par rapprochement entre les stocks, les entrées et les sorties de produits, et les opérations réalisées en caisses comprenant en particulier les procédures de correction et d’annulation utilisées ». De plus, il indiquait que, pour réaliser ces traitements, il serait « nécessaire d’utiliser les données fournies par le logiciel ALLIANCE PLUS afin de pouvoir exploiter les informations relatives à la gestion de l’officine ». Pour la société contrôlée, ce courrier ne contenait pas un descriptif suffisamment détaillé des opérations envisagées pour faire son choix entre les 3 options de traitement. Faux, a jugé le Conseil d’État. Pour lui, à ce stade, les informations fournies étaient suffisamment précises. C’est seulement, dans un deuxième temps, si la société opte pour réaliser elle-même les traitements, qu’un descriptif technique doit lui être transmis par le vérificateur.